O Cursor 3D é um simples ponto no espaço tridimensional que pode ser usado para inúmeros propósitos  no blender. Você provavelmente já deve ter alterado a posição deste cursor com um clique com o botão esquerdo, mas esse posicionamento não exatamente preciso. Caso você queira posicionar em um ponto determinado é melhor fazer isso a partir do Painel de Propriedades > Cursor 3D > Localização.

Mas as forma mais fácil de colocar o cursor 3d na origem (X = 0; Y = 0; Z = 0) basta usar as seguintes teclas de atalho:

SHIFT + C